纲要指出，当前环保科技存在的主要问题主要包括四个方面：一是环保科研前瞻引领不够。部分环保科研工作疲于应对当前的环境管理工作需求，缺乏对环境问题的适度超前预判研究，有时甚至处于被动应对局面。二是环保科研整体统筹协调不足。环保科研顶层设计不足，部分科研项目立项、实施和管理存在条块分割、交叉重复现象，缺乏有效的沟通协调机制。三是环保科技创新能力仍然薄弱。环保系统科研队伍规模小，环保科技领军人才不足，地方环保科研能力十分薄弱。四是环保科技体制机制亟待深化改革。
针对未来的工作方向，纲要明确将实施大气污染防治、土壤污染防治、生态治理、废物资源化、化学品风险控制、核与辐射安全等领域一批国家重点研发计划重点专项。同时，推进“京津冀环境综合治理”科技重大工程，围绕国家京津冀协同发展战略的实施，构建水、气、土协同治理，工、农、城资源协同循环，区域环境协同管控的核心技术、产业装备、规范政策体系。建成一批综合示范工程，形成京津冀区域环境综合治理系统解决方案。